10年近く続いた内戦はニカラグアに深い傷跡を残した。それは現在も経済の崩壊、治安の極端な悪化として顕在化している。膨大な犠牲と引き換えにニカラグアが手に入れたのは、民主主義だけだった。
1990年2月、国連の監視下で大統領選挙が行われ、国民野党連合（UNO）ビオレータ・チャモロが当選し、1990年4月に大統領に就任した。チャモロ政権は内戦で疲弊したインフラ・経済の再建、ハイパーインフレの終結に取り組み実現した。チャモロ政権の樹立により米国はようやくニカラグアに対する経済制裁とコントラへの支援を解消した。
1996年11月、大統領選挙で立憲自由党（PLC）のアルノルド・アレマンが当選し、1997年1月に大統領に就任した。アレマン政権は経済の規制緩和と自由競争を推進により経済発展を目ざすとともに、サンディニスタ民族解放戦線との政策協定により憲法と選挙法を改正した。
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2001年11月、大統領選挙で立憲自由党（PLC）のエンリケ・ボラーニョスが当選し、2002年1月に大統領に就任した。ボラーニョス政権は汚職の摘発に取り組み、アレマン前大統領を逮捕し、アレマン前大統領は懲役20年の判決を受けた。2006年4月、ニカラグアはアメリカ・中米・ドミニカ共和国自由貿易協定（DR-CAFTA）に加盟した。