日本原産の植物が多い
もともと日本は自生植物の種類が多いこともあるが、ハナショウブ、サクラソウ、フクジュソウ、サクラ、ツバキ、カエデ、オモト、イワヒバ、マンリョウなど、多くの国産植物が育種された。ただし中国蘭やキク、アサガオ、ウメ、シャクヤク、ハボタンのような外来植物もある。また中国の鑑賞花卉が、ほとんどすべて薬用、食用などの実用植物起源であるのに対し、日本では実用起源ではないもの、つまり純粋に観賞用起源の種類も多い。
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葉の変化を追求する植物が非常に多い
カエデ、オモト、イワヒバ、マンリョウ、カラタチバナ、マツバラン、サイシン、シノブ、ナンテンなど、葉や茎といった花以外の部分の変化を楽しむ植物が非常に発達した。富貴蘭にいたっては、気根の先端の根冠部分の色彩の変異すらもが鑑賞対象となっている。江戸時代後期にはそれらの専門書「草木錦葉集」、「草木奇品家雅見」も発行された。一種の観葉植物であり、これはそれまでの中国の園芸ではあまり見られないことで、またヨーロッパの観葉植物の発達よりも早く、日本独自の園芸現象である。葉の変異形質（芸）を説明するための用語も非常に発達している。
花の大きさや花色の多彩さよりも、花型の変化を求める。
西欧や明治以降の日本の園芸植物に比べて非常に顕著な傾向で、変化アサガオはその代表とも言える（ただしアサガオは花色の幅も非常に広い）。キクやサクラソウ、ナデシコなどでも同様の傾向が見られる。